耐除草剂作物也并不一定完全不受除草剂的影响。美国普渡大学的园艺学教授angus murphy和园艺学助理教授wendy peer研究发现，在耐2,4-d作物上使用2,4-d可能导致作物需要更多的水和养分，他们将这一研究成果发表在了“the plant journal”杂志上。
根毛是植物主根的延伸，也是大部分水和矿物质进入植物体的通道。abcb4蛋白是协调植物根系生长的微调机制中的关键组分，这种微调机制是植物根毛适当发育不可或缺的。abcb4蛋白存在于根毛的表面，像一个可以双向调节的开关，负责将生长素运输进细胞，而当生长素积累到一定程度时再将其运出细胞，保持正常的生长素浓度，从而保证植物根毛的正常生长。
除草剂2,4-d相当于一种人工合成的植物激素，具有与生长素（吲哚乙酸，iaa）相似的生理效应。通常，2,4-d主要作用于双子叶植物，可杀灭阔叶类杂草。而因2,4-d进入单子叶植物后会失活，所以高粱和玉米等单子叶植物对其有很好的抗性。科学家发现，在单子叶植物体内的2,4-d被去除活性之前，2,4-d可以将abcb4蛋白转变成“单向摄入”模式，关闭其将生长素运出的功能，因此，随着生长素的不断积累最终导致植物的根毛变短。
科学家们表示，这种情况不仅发生在植物体内，他们在酵母，烟草和人类细胞上进行试验，发现使用2,4-d后，所有的abcb4蛋白都被锁定在“单向摄入”模式。去除abcb4的变异植株的根毛生长则不受2,4-d 的影响。
科学家提醒，使用2,4-d时，要密切关注其对非靶标作物的影响，应尽量避免2,4-d进入土壤，对作物产生不利影响，使得农民在种植耐2,4-d转基因作物时增加额外的成本。